水中有不少细菌，如果不及时处理会出现许多问题。在整个水处理过程中，都存在微生物生长和繁殖的可能性，尽管高纯水中的有机物极少，但某些细菌仍可以生长并繁殖，从而降低了水的纯度。为了防止微生物对纯水的再次污染，人们用化学药剂、氧化、紫外线杀菌技术作为高纯水的后处理。近年来，为适应微电子工业的飞速发展，高纯水制备技术在试验研究和生产实践方面都有了某些新的进展，如紫外线和臭氧杀菌技术、微絮凝过滤工艺还有
杀菌剂等。
在20世纪初人们发现了紫外线的杀菌剂，自从1936年制造出第一台低压汞灯，紫外线杀菌向工业化迈进了一大步，紫外线具有杀菌速度快、效率高的特点，而且经紫外线照射的水不会改变其物理性质和化学性质，所以紫外线适用于对各种流量的水进行处理。
在纯水处理系统中，尤其在夏季高温条件下，细菌类微生物繁殖得快。这些细菌对纯水的后处理系统的超滤或膜滤装置的危害很大。
杀菌剂不但能杀死细菌，而且能抑制细菌的繁殖，因此是制取超纯水中不可或缺的一部分。
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